Visium空间基因表达解决方案

基因表达·空间位置可视化

细胞在组织样本中相对的位置关系对于理解疾病病理学至关重要。Visium空间基因表达解决方案不仅可以检测带有空间分辨的全转录组表达，同时还可以捕获相同组织切片中的组织学信息，并且可以将基因表达谱映射回组织原始的位置。

该解决方案为癌症，免疫生理学，神经科学，发育生物学等领域的研究提供组织和基因表达复杂性的新视角。

Visium空间基因表达解决方案主要原理

用于文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域（6.5x6.5mm），每个捕获区域含有5000个被条形码标记的点（barcoded spots），直径为55 μm，（两点之间中心的距离为100 μm），每个点都有一个独特的条形码序列。当RNA从组织切片的细胞中释放出来后，迁移到每个点的RNA会被标记上相应的条形码序列，然后进行文库构建并进行测序。接下来，根据数据的条形码信息对数据进行分配，以确定哪些数据来自哪个位置。最终实现空间基因表达的可视化。

Visium空间基因表达解决方案工作流程

Visium空间基因表达解决方案研究领域

Visium空间基因表达解决方案技术优势

将空间分辨的全转录组分析与形态学背景相结合，补充单细胞基因表达在空间信息上的空白；

通过绘制所有基因活动发生的位置，获得疾病复杂性的完整视图；

通过无偏分析发现新的目标。

Visium空间基因表达解决方案送样要求

新鲜冷冻的组织 

（目前已经测试的物种包括：人，小鼠，大鼠）

Visium空间基因表达解决方案结果展示

图 小鼠大脑空间分率的表达及聚类

A.对小鼠大脑切片进行H＆E染色，成像，然后通过10x Genomics公司 visium空间基因表达解决方案工作流程进行处理;

B.展示了含有UMI计数的数据与组织空间位置的图像叠加;

C.总基因计数;

D.基于总差异表达基因的空间 naive聚类( spatially naive clustering)。最右边显示了相比于其他细胞義，在细胞族4(绿色)中高表达的基因

图 小鼠大脑中空间分辨率的基因表达

AH＆E染色小鼠冠状脑组织切片;基因 Selena(B)和基因Tmsb4x(C)的空间mRNA表达为大脑中已知的表达模式，主要在海马体中表达。图中结果显示了这两个基因在海马体中有显著表达，井且与已知的表达模式一致(注意点大小不是按比例缩放)。