UCSC数据库上手指南（四）—— UCSC Table Browser下载基因的bed文件和转录本序列
在日常的基因组研究过程中，经常要根据基因名字去提取基因Exon/CDS区域bed信息，或者需要获取基因转录本的序列信息。UCSC Table Browser可从基因组数据库（如refseq、ensemble等）下载数据，用户输入表格参数后，点击提交既可以批量得到所需要的基因bed文件和转录本序列等。本文将通过实际例子介绍怎么通过UCSC Table Browser下载基因的bed文件和转录本序列。
进入UCSC主页（http://genome.ucsc.edu/），点击菜单栏上的Tools -> Table Browser进入Table Browser页面。
主要步骤：
1. Select dataset-选择适当的数据库。
在 "clade" 下拉菜单中选择所需的生物类群（如哺乳动物），在 "genome" 下拉菜单中选择感兴趣的物种基因组，这里选择Human物种，在"assembly"下拉菜单中选择物种的基因组版本，这里选择hg19版本，然后在 "Group" 下拉菜单并选择Genes and Gene Predictions，"track"下拉菜单选择NCBI RefSeq数据库，"table"下拉菜单选择RefSeq All(ncbiRefSeq)。
2. Define region of interest-定义目标区域。
在"region"里面选择genome范围或者输入自定义的区域范围，这里选择genome。在"Identifiers"里面粘贴或者上传自己要转换的基因名字，可以通过paste list或者upload list来输入目标基因，这里以TP53和EGFR两个基因为例，输入完成后，点击submit提交。
paste list输入目标基因
upload list输入目标基因
3.Retrieve and display data-检索和展示数据。
在"output format"里面可以选择输出文件的格式，这里以bed格式和sequence格式进行演示。"output filename"里面可以按照需求填写输出文件的名字，也可以不填，不填的话会在网页上展示结果。
4.bed文件格式结果输出。
在"output format"里面选择BED格式，"output filename"里面输入定义的文件名，点击get output按钮。
这里可以对输出基因的范围进行设置，可以选择Exon, Introns或者Coding Exons(CDS)等，我们这里选择Coding Exons进行输出，选择完成点击get BED按钮，就得到了基因CDS的bed文件。
5. 序列文件格式结果输出。
在"output format"里面选择sequence格式，"output filename"里面输入定义的文件名，点击get output ->submit按钮。
"Sequence Retrieval Region Options"这里可以对输出序列的位置进行设置，可以选择UTR, CDS, introns或者基因的上下游区域。我们这里选择CDS区域的序列进行输出，"Sequence Formatting Options"这里可以对输出序列的大小写进行设计，用户可以按照自己的需求进行选择。设置完成后点击get sequence按钮就得到了基因转录本的序列信息。
至此，我们就掌握了如何利用UCSC Table Browser下载基因的bed文件和转录本序列。下一期我们将介绍如何利用UCSC Genome Browser查看探针对目标区域的覆盖情况。
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