10x Genomics技术方案更新 - 5月
工作流程
新— Visium CytAssist 固定冷冻样品空间基因表达分析
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用于固定冷冻样品的 Visium CytAssist 空间基因表达 - 水化、H&E 染色、成像和解交联 (CG000662, Rev A)
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为10x Genomics Visium CytAssist 固定冷冻样品空间基因表达的组织水化、苏木精和伊红 (H&E) 染色、成像和解交联流程提供分步指导。
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固定冷冻样品的 Visium CytAssist 空间基因表达——组织制备指南
(CG000663, Rev A)
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提供有关固定、冷冻保存、包埋、冷冻切片以及将固定的冷冻 OCT 包埋组织切片放置在空白载玻片上步骤的指导。
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Xenium原位分析
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Xenium原位分析系统-FFPE 组织样品制备指南（CG000578，版本 B）
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更新了切片放置步骤和 Xenium 载玻片模板。
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Xenium原位分析系统 -新鲜冰冻组织样品制备指南（CG000579，版本 B）
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更新了部分Xenium 玻片放置指南和模板。
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单细胞 5' 特征码赋能的抗原检测技术 (BEAM)
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Chromium 单细胞 5' 特征码赋能的抗原检测技术 (BEAM) – 实验步骤计划书 (CG000590, 版本 B)
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更新包括生物素化人血清白蛋白和小鼠血清白蛋白的使用，并更新了文档资源部分。
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Chromium 单细胞 5' 特征码赋能的抗原检测技术 (BEAM) – 试剂组装、样品标记和流式分选 (CG000595, 版本 B)
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更新包括了生物素化人血清白蛋白和小鼠血清白蛋白的使用并更新了文档资源部分，删除了 MACS Miltenyi B 细胞分离试剂盒 II， 并添加了 EasySep，添加了 STEMCELL Technologies 的人 B 细胞分离试剂盒，添加了新的关于标记和洗涤缓冲液的部分（第 12 页）。
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更新在 BEAM-Ab 抗原预筛选步骤下包含“应执行淬灭”的描述，并更新了关于BEAM-Ab阴性对照组装的指南（第 12 页）。
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修改后的 BEAM-Ab 预筛选步骤包括了使用非靶向抗原制备阴性对照组件的指南（第 19 和 20 页）。
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包括了有关使用非靶向抗原制备阴性对照组件的指南（第 23和24 页）。
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添加了新的关于用阴性对照 BEAM-Ab 组件标记的细胞中，背景 PE 信号的指南（第 51 页）。
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Chromium 单细胞 5' 特征码赋能的抗原检测技术 (BEAM) – 实验计划指南（CG000596，版本 B）
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在“测试多种抗原下”步骤添加了“通过将 BEAM 结合物与 PBS（无抗原）或生物素化非靶向抗原结合来制备阴性对照组件”的描述。
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用于BEAM-Ab 组装的 Chromium 单细胞 5' 特征码赋能的抗原检测技术(BEAM) 操作指南（CG000597，版本 B）
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更新了第 2 步和第 3 步，以包括非靶向阴性对照组装。
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用于 BEAM-T 组装的 Chromium 单细胞 5' 特征码赋能的抗原检测技术 (BEAM) 操作指南（CG000615，版本 B）
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修复格式
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单细胞 5' v2 双端标签文库的测序指标和碱基组成（CG000401，版本 D）
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BEAM 指标已添加到 5' 免疫分析测序指标技术说明中。
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Chromium Next GEM 单细胞 5' 试剂盒 v2（双标签），包含用于 CRISPR 筛选的特征条形码技术（CG000510，版本 C）
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将转移上清液的体积更新为 70 μl（第 42 和 44 页）
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Xenium Analyzer：网络连接指南（CG000645，版本 B）
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已更新包括有关出站连接、主机和端口的详细白名单、本地连接和存储要求的其他技术细节。
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Space Ranger v2.1
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启用 Visium 蛋白质表达数据的分析。使用蛋白质表达数据集的抗体panel中的阴性对照异构型抗体自动执行异构型归一化。
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启用无参考点反卷积，允许对 Visum 样本中的主要组成进行反卷积，以便于进行细胞分型。
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基因的小提琴图和基因表达数据集的 UMI 分布。
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蛋白质表达数据集的抗体相关图。
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原始探针条形码矩阵已包含在所有基于探针的样本的输出中。
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这是支持靶向空间基因表达分析的最后一个版本。
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Loupe Browser v 6.5
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用户可以可视化和分析 Visium 蛋白表达数据！抗体列表会自动填充在“当前特征列表”选项卡下，并且可以使用更新的“按计数选择”用户界面轻松选择所需的条形码。
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可以通过新的 “点反卷积”功能探索无参考的点反卷积 的结果。仅适用于使用 Space Ranger 2.1 及更高版本生成的 cloupe 文件。
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热图可以导出为高分辨率 SVG 文件。
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Cell Ranger
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条形码排序图的导览
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这个新的文档页面概述了网页摘要文件中的条形码排序图，以及如何使用它来评估样本质量。
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分析指南
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单细胞 RNA-seq 数据标准化
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通过数据标准化消除了技术导致的偏差，同时在下游分析之前保留了基因表达计数的生物学差异。本文介绍单细胞基因表达数据分析中常用的一些数据标准化方法。
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环境 RNA 校正方法简介
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源自细胞悬浮液中自由漂浮的转录物的环境 RNA 会污染数据集的内源基因表达谱并影响后继实验结果。本文总结了环境 RNA 污染的问题，并列出了几种第三方团体开发的环境 RNA 校正工具。
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FASTQ 文件生成（BCL 转换）
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文档页面添加了示例，包括使用 Illumina 的 BCL Convert 生成 FASTQ 文件时的特定格式和设置。
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单细胞基因表达
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单细胞多组学 ATAC + 基因表达
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单细胞ATAC
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单细胞免疫分析
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空间基因表达
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