10x Genomics技术方案更新 - 5月

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实验流程

 

固定 RNA 分析

 

  • Chromium固定RNA分析—实验规划指南 (CG000528, Rev A)
    • 新增! Chromium 固定RNA分析提供全面的可扩展解决方案,用于检测甲醛固定的单细胞及单细胞核的基因表达。本文档内容包括 Chromium 固定RNA分析的工作流程、实验所需的第三方仪器和试剂及数据分析的概述。实验中所需的10x Genomics Chromium 固定RNA分析试剂盒的信息不包括在内。
  • 适用于Chromium固定RNA分析的细胞和细胞核固定方案 (CG000478, Rev A)
    • 新增! Chromium 固定RNA分析提供全面的可扩展解决方案,用于检测甲醛固定的单细胞及单细胞核的基因表达。该文档介绍了如何对单细胞和单细胞核悬液进行固定以适用于Chromium固定RNA分析的工作流程,同时也介绍了如何保存固定后的样本,以及保存样本的后续处理。
    • 细胞固定前还可被带有标签的蛋白结合分子标记, 例如可被带有特征条形码序列的抗体标记,  请参阅使用特征条码技术进行Chromium固定RNA分析的细胞表面蛋白标记实验指南 (CG000529) 获取指导。请注意:使用特征条码技术进行Chromium固定RNA分析的细胞表面蛋白标记仅与单样品兼容。
  • 适用于 Chromium 固定RNA分析的组织固定和解离方案
    • 即将上市! 预计2022年6月上市.
  • 使用特征条码技术进行单样本Chromium 固定RNA分析的细胞表面蛋白标记 (CG000529, Rev A)
    • 新增! Chromium多样本混合固定RNA分析方案可在单个 GEM 反应中运行多达4或16个固定样本,为大规模高通量单细胞实验提供了一种高效低成本的方法。
    • 细胞表面蛋白可以被特定的蛋白质结合分子标记,例如可被带有特征条形码序列的抗体标记。该文档概述了如何将特征条码技术标记细胞表面蛋白和Chromium固定RNA分析一起使用。该文档还为使用流式细胞荧光分选 (FACS) 技术富集标记细胞提供了指导。请注意:此文档中的应用仅支持单样本。
  • 多样本混合的Chromium固定RNA分析试剂盒用户指南 (CG000527, Rev A)
    • 新增! Chromium多样本混合固定RNA分析方案可在单个 GEM 反应中运行多达4或16个固定样本,为大规模高通量单细胞实验提供了一种高效低成本的方法。
  • 单样本的Chromium固定RNA分析试剂盒结合用于细胞表面蛋白标记的特征条形码技术用户指南(CG000477, Rev A)
    • 新增! 单样本Chromium 固定RNA分析试剂盒可在每个GEM反应中分析一个固定样本。
    • 该方案同时可检测固定细胞的表面蛋白,细胞悬液需在固定前用偶联特征寡核苷酸序列的抗体进行标记。

 

Chromium 细胞核分离试剂盒

 

  • Chromium 细胞核分离试剂盒样本制备用户指南(CG000505,Rev A)
    • 新增! Chromium 细胞核分离试剂盒使用冷冻的人和小鼠组织样本进行开发和优化,预计可用于大多数哺乳动物组织细胞核分离。
  • Chromium细胞核分离试剂盒已测试的组织
    • 此表中列出了 Chromium 细胞核分离试剂盒已测试过的冷冻组织样本类型。
  • Chromium细胞核分离试剂盒操作视频
    • 新增! Chromium细胞核分离试剂盒操作视频。

 

单细胞3’ HT

 

以下文档已更新, 增加了16反应芯片的信息:
  • Chromium Next GEM 单细胞 3' HT 试剂盒 v3.1 (双端 Index)(CG000416, Rev C)
  • Chromium Next GEM 单细胞 3' HT 试剂盒 v3.1 (双端 Index)结合用于细胞表面蛋白的特征条形码技术(CG000417, Rev C)
  • Chromium Next GEM 单细胞 3' HT 试剂盒 v3.1  (双端 Index)结合用于CRISPR 筛选的特征条形码技术 (CG000418, Rev C)
  • Chromium Next GEM 单细胞 3' HT 试剂盒 v3.1 (双端 Index)结合用于细胞混样的特征条形码技术 (CG000419, Rev C)
  • Chromium Next GEM 单细胞 3' HT 试剂盒 v3.1 (双端 Index)结合用于细胞表面蛋白和细胞混样的特征条形码技术 (CG000420, Rev C)
  • Chromium Next GEM 单细胞 3' HT 试剂盒 v3.1 (双端Index)结合用于 CRISPR 筛选和细胞混样的特征条形码技术 (CG000421, Rev C)

 

单细胞5’ HT

 

以下文档已更新, 增加了16反应芯片的信息,以及 V(D)J 第二步扩增反应退火温度改为62°C:

  • Chromium Next GEM 单细胞 5' HT试剂盒 v2  (双端 Index)  (CG000423, Rev C)
  • Chromium Next GEM 单细胞 5' HT 试剂盒 v2 (双端 Index)结合用于细胞表面蛋白和免疫受体分析的特征条形码技术 (CG000424, Rev C)
  • Chromium Next GEM 单细胞 5' HT 试剂盒 v2 (双端 Index)结合用于CRISPR 筛选的特征条形码技术 (CG000512, Rev B)
  • Chromium Next GEM 单细胞 5' HT 试剂盒 v2 (双端 Index)结合用于CRISPR 筛选和细胞表面蛋白的特征条形码技术 (CG000513, Rev B)

 

样本制备

 

  • 适用于单细胞RNA测序的微孔板样本准备 (CG000426, Rev C)
    • 更新: 本文档中增加了抗体标记流程、多重洗涤流程指导以及如何在PCR管中准备CMO标签。

软件 
Loupe Browser

 

  • Loupe Browser 6.1现已上线 !
  • Loupe Browser 6.1 通过更新的 Visium 手动对准器实现对基准框和组织区域更快更准确的检测,并能更快速地挖掘特征条形码数据。

     

 

  • 探索您的数据时能体验以下增强的功能:
    • 使用更新后的Visium手动对准器, 能够更快更精确地选择基准位置和捕获点。
    • 借助新功能,您可以放大和缩小显微图像、折叠说明页面以及使用键盘快捷键。
    • 借助手动对准器中新的自动亮度和对比度切换,显微镜图像可视化情况得以改进。
    • 更轻松地访问您的特征条码列表,从而快速探索您样本中蛋白和CRISPR数据。
  • 现在下载有关 Loupe Browser 6.1 中更新的完整信息,请参阅完整的发布说明

 

数据分析指南
  • Chromium 单细胞 ATAC 数据的批次效应校正
    • 使用 R 包中的 Harmony 算法对两个 10x Genomics 单细胞 ATAC 数据集进行批次效应校正的分步教程。校正后的文件可导入 Loupe Browser。

 

 

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